Fue fundado el 23 de enero de 1941, cerrando la iniciativa de un grupo de entusiastas deportistas que resolvieron institucionalizar las actividades que desarrollaban.
Hacia 1947 era el club de barrio más importante de Resistencia. Tuvieron que luchar hasta 1954 para ascender a primera divisón.
En los años 1985 y 1987 se consagró campeón del Torneo Selectivo, ganándole en la final a Chaco For Ever (equipo con el cual tiene una gran rivalidad, dicho partido entre Villa Alvear y For Ever es considerado un clásico) por 2 a 1, y obtiene el pasaporte para participar en el Torneo Regional del 1985.
En 1997 se inauguró la cancha de fútbol y en el 98' el playón de la cancha de básquetbol.
En el 99' sufrió la pérdida de categoría y tuvo que jugar una temporada en el ascenso, pero en 2000 ascendió de la mano de Waldemar Santos Oliveira con una campaña en la que ganó 16 partidos, perdió 2 y no registró empates, con 63 goles a favor y 15 en contra.
Villa Alvear tuvo el privilegio de contar en sus filas con jugadores como Julio Gutierrez, Fernando Moro, Marcelo Magnin, Gustavo Alfaro, Barrero y Balcaza, entre otros.
Actualmente, Villa Alvear se encuentra disputando el Torneo del Interior y la primera división de la Liga Chaqueña de Fútbol, de la cual fue campeón del Clausura 2008.
Villa Alvear ganó luego de 3 años, el Torneo Clausura 2011 de la Liga Chaqueña de Fútbol. En una final recordada ya que en la fecha final Villa Alvear derrotaba por 1-0 a Don Orione con gol de Lucas Urbina de penal, esa misma tarde el elenco Funebrero debió esperar que sucedía días mas tarde para saber si era campeón, porque a causa de los incidentes ocurridos en la cancha del local el partido fue suspendido.
Días mas tarde en cancha del Club Social y Deportivo Fontana, Villa Alvear se dio el gusto, Carlos Córdoba aumento el marcador a 2-0 y el "fuenebrero" gritó campeón y sumo su tercera estrella.
La gran campaña fue sin dudas unas de las mejores: en 15 partidos jugados, ganó 10 y empato en 5 oportunidads, campeón invicto acompañada de la valla menos vencida. La formación estuvo a lo largo del campeonato de la siguiente manera: Lucas Urbina; Elías Fernández, Jorge Darío Thompson, Mario Toledo y Carlos Córdoba; Gastón Barrios, José Luis Mendoza y Jose Luis Romero; Mauro Silva; Rubén Bogado y Javier Romero. Con la Dirección Técnica de David Moreno.
Hoy Villa Alvear en la actualidad, pasa por un gran momento futbolístico además en lo insitutcional. Con obras en la refacción de un nuevo estadio que albergará alrededor de 15.000 personas, con el tan ansiado de una tribuna de cemento. Con divisiones inferiores trabajando, con muchas disciplinas además de Fútbol se practica en el club como Hockey, Básquetbol y fútbol femenino. Una gran sede social refaccionada, con salón de fiestas, vestuarios nuevos. Villa Alvear va creciendo de a poco, y se va notando cambios, que es además unos de los grandes equipos de la Liga Chaqueña de fútbol.
Además de un gran salón de fiestas, vestuarios de primer nivel y cancha con iluminación casi con el 60% de iluminación del estadio, Villa Alvear promete ser una de las mejores instituciones a futuro.
Hoy en día la dirigencia que hace las cosas muy bien, estuvieron 22 años en la tribuna alentando al club y hoy en día es una realidad lo bien que progresa el club.
COMISIÓN DIRECTIVA:
PRESIDENTE: Roberto Carlos Ibarra
VICE-PRESIDENTE: Fernando González
SECRETARIO: Walter López
PRO-SECRETARIO: Eduardo Acuña
VOCAL: Pablo Alarcón
